事業協同組合等算定特例の適用により、障害者雇用納付金は、企業（特定事業主）ごとではなく、事業組合全体で通算して算定されます。

また、本制度は年度単位（4月～翌3月）で計算されるため、年度途中に参加した企業（特定事業主）についても、当該年度の4月まで遡って通算されます。

この仕組みにより、事業組合内の就労継続支援A型事業所で雇用されている障害者人数を、法定雇用障害者数の不足している企業（特定事業主）へ充当することが可能となり、障害者雇用納付金の発生防止または軽減につながります。

なお、事業組合参加前の期間において軽減された障害者雇用納付金については、当該不足人数に応じて、「雇用納付金相当額」としてご負担いただきます。